Une situation politique originale
     En 942, la cité est introduite dans le royaume de Bourgogne sous l'autorité de l'archevêché.

Cathédrale St Jean

         L'Eglise de Lyon (archevêque et chanoines du chapitre de la cathédrale St Jean) est très puissante localement. La raison en est qu'elle possède les pouvoirs importants : pouvoirs juridique et matériel, ainsi que de nombreuses possessions à l'extérieur de la cité, ce qui lui assure des revenus fonciers très appréciables.
          Dans le Vieux Lyon, cette puissance religieuse est représentée au travers de ses 4 hectares entourés de fortifications englobant le groupe cathédrale St jean , véritable ville dans la ville. Ce groupe cathédrale est dominé par la Cathédrale St Jean, entourée des églises St Etienne et Ste Croix, l'auditoire et les prisons, le Palais archiépiscopal , les hôtels de dignitaires et des chanoines, les logements des officiers et serviteurs.        

Eglise Saint Paul

L'aménagement de l'habitat se fait autour de ses établissements ecclésiastiques que sont : St Georges, le groupe cathédrale et St Paul, à l'intérieur d'une enceinte de fortifications allant de St Georges au sud au château de Pierre Scize au nord.
Mais les alentours de la rive gauche faisant partie du royaume de France, l'Eglise se trouve en rivalité avec l'autorité politique des comtes du Forez, représentants du roi de France, qui aimeraient s'emparer du contrôle de la cité. 

Le renforcement du pouvoir ecclésiastique    
En 1032, le royaume de Bourgogne passe aux mains de l'Empire et en 1157 l'empereur Frédéric Barberousse reconnaît par une bulle d'orque le gouvernement de la cité entière appartient à l'archevêque de Lyon.
     Les tensions sont alors toujours aussi forte entre les 2 puissances locales, mais en 1173, les 2 parties mettent un terme à leur différent en signant un traité qui donne tous pouvoirs à l'Eglise sur toute la cité (rive droite comme rive gauche) avec entre autres : la justice, les coutumes diverses, les péages et droit de battre monnaie . En contre partie, les comtes du Forez reçoivent des biens fonciers et des droits seigneuriaux dans les campagnes environnantes.
     Par la suite, la situation économique s'améliore et la population augmente. Mais la cité n'est pas attirée par l'extérieur car l'Eglise, riche grâce à des rentes foncières et autres bénéfices juridiques (taxes), ne s'intéresse pas de développer le commerce avec les régions ou pays voisins. Pas plus d'ailleurs que les riches notables de la cité, marchands, hommes de loi, qui n'ont pas de pouvoir et se sentent isolés.

Le Vieux Lyon : haut lieu du christianisme
       En 1245, la cathédrale Saint-Jean abrite un concile (XIIIe concile œcuménique ) réunissant plus de 140 évêques qui prononçèrent l'excommunication et la déposition de l'empereur Frédéric II ; après quoi, le pape Innocent IV qui avait convoqué ce concile juge plus prudent de ne pas quitter Lyon avant 1251. Peu après, en 1274, Grégoire X réunit un second concile (Lyon II, XIVe concile œcuménique ) qui définit la théologie du purgatoire, condamne le prêt à intérêt, et tente de rapprocher l'Église grecque de l'Église latine. Enfin, le XIVe siècle vit le splendide couronnement de Clément V à l'église Saint-Just (1305).
 

Annexion et affranchissement de la ville           

Blason de Lyon

Peu à peu cependant, les relations entre l'Eglise et les bourgeois se détériorent car ces derniers prennent conscience de la stagnation de l'économie et désirent surtout plus d'autonomie. Tout au long du XIIIème siècle, des troubles et des querelles se succèdent d'autant plus que des divisions séparent l'archevêque d'avec ses chanoines du chapitre cathédrale. Le roi Philippe le Bel en profite et devient une sorte de médiateur entre les différents antagonistes.
     C'est ainsi qu'il rattache Lyon en 1307 au royaume de France. La ville devient alors sénéchaussée, administrée par 12 consuls, élus par les maîtres des métiers de Lyon. En 1320, la ville devient une " bonne ville " du roi après s'être vue accorder par Philippe V une charte de franchises dite de la Sapaudine, qui lui donne une certaine autonomie.

Les temps obscurs    
     Au XIVème siècle, la ville subit de nombreux fléaux inhérents à cette période et communes à l'ensemble du royaume.
     - La peste ravage cycliquement la population et emporte près du 1/3 des habitants de la cité : de 15 ou 18 000 habitants, elle passera à 10 000 habitants au milieu du XIVème siècle.     
     - Même si la Guerre de Cent Ans (1338-1453) ne touche pas directement Lyon car la ville ne subit ni pillage ni siège...
     - ...les routiers ou écorcheurs ou tard-venus (mercenaires démobilisés transformés en bandits de grands chemins) achèvent de ravager et de terroriser le reste de la population surtout pendant les périodes : 1358 / 1368 et 1417/1444.